En su guerra con los conquistadores, Otumbo y sus guerreros han capturado a Álvaro, el gobernador español. Están a punto de ejecutarlo cuando aparece Zamoro. Es el líder de su tribu y lo habían dado por muerto, pero ha logrado sobrevivir a duras penas a los duros tormentos que le había infligido el hijo de Álvaro, Guzmán. A pesar de ello, da muestras de su magnanimidad y permite que el gobernador pueda irse indemne. Otumbo informa de que la prometida de Zamoro, Alzira, ha sido hecho prisionera en Lima junto con su padre, Ataliba. Zamoro parte con la intención de poder rescatarlos y vengarse de los españoles.

En Lima, Álvaro confía el puesto de gobernador a su propio hijo, Guzmán, que quiere hacer la paz con los incas y confía en sellar el pacto casándose con Alzira, a la que ama. Pero el corazón de Alzira sigue latiendo únicamente por Zamoro, y ni siquiera su padre puede convencerla de que cambie de opinión. Entretanto, Zamoro ha conseguido entrar en el palacio, pero el alegre reencuentro de los amantes se ve interrumpido por Guzmán, que toma como prisionero a Zamoro y, al hacerlo, incumple las cláusulas del tratado de paz que se había acordado. De rodillas, Álvaro implora a su propio hijo que salve la vida del inca, a quien debe la vida, pero Guzmán se muestra impertérrito. Sólo cuando le informan de que tropas incas están aproximándose a la ciudad decide liberar a Zamoro y expiar la culpa de su padre. Los dos rivales volverán a encontrarse en el campo de batalla.

Los españoles han diezmado al ejército inca y Zamoro será quemado al amanecer. Alzira suplica que le salven la vida y Guzmán le dice que, si accede a casarse con él, Zamoro será liberado. Apesadumbrada, Alzira acepta a duras penas el ofrecimiento. Entretanto Otumbo ha sobornado a los guardias de la prisión, lo que le permite a Zamoro escapar, pero cuando se entera de que Alzira y Guzmán van a casarse, regresa inmediatamente a Lima, donde, disfrazado con un uniforme español, se mezcla con los invitados a la boda. Logra llegar hasta Guzmán y le asesta una puñalada en el pecho. Mientras yace moribundo, Guzmán recuerda su fe cristiana y no sólo perdona a Zamoro, sino que también favorece su unión con Alzira. Con sus últimas fuerzas implora a Álvaro que le dé su bendición y, a renglón seguido, muere.